鸠山表示，因为普天间基地问题造成的混乱，以及导致社民党脱离联合政权，使得他辞意已决。而日本国内普遍因为鸠山没有实践5月末解决基地问题而指责其领导力不足，内阁支持率急速跌落到10%的程度。在参议院选举前，民主党内部也出现了“不愿意继续在鸠山首相的领导下的呼声。这些都使得鸠山倍感压力。

　　鸠山宣布辞职后，眼含热泪面向民主党两党议员发表讲话，他说：“我不断听到国民对我不满的声音，那是国民的判断，肯定没有错。我想我的离去可以让民主党回到那个没有政治献金问题的民主党，希望大家对于新的民主党持续关注。”

　　2009年8月30日，鸠山由纪夫带领民主党在众议院选举中取得历史性的胜利，终结了自民党长期的执政地位。2009年9月16日，他当选日本第93任首相。实任首相8个半月。